Agustus 2004
7 bulan setelah diluncurkan, PT Toyota Astra Motor (TAM) kembali merilis Avanza tipe terbaru, yaitu tipe S dengan transmisi otomatis 4 percepatan.
Kapasitas mesin masih sama dengan tipe sebelumnya, namun sudah mendapat penyempurnaan.
Kode mesin berubah menjadi K3-VE DOHC 16 katup 1.300 cc yang sudah mengusung teknologi VVT-i (Variable Valve Timing-intelligent).
Baca Juga: Toyota Avanza S VVT-I 2008 Kondisi Mulus, Dijual Cuma Segini
Di samping itu, sisi keselamatan Avanza mendapat peningkatan dengan hadirnya ABS (Antilock Braking System) pada sistem pengereman.
Juli 2006
Merupakan facelift perdana dengan penyegaran grille dan bumper depan, lampu belakang serta warna interior.
Di sini, Avanza 1.3 manual tipe E dan G sudah menggunakan mesin berteknologi VVT-i.
Oktober 2008
Setahun berselang, penyegaran buat Avanza kembali dilakukan, namun kali ini berlaku untuk semua tipe.